Совет был организован в 2001 году по инициативе и при поддержке проректора по науке. В разные годы советом руководили: Воротников Игорь Леонидович, Складанова Анна, Гагина Ирина, Ковалева Татьяна.
Первым председателем совета был Воротников Игорь Леонидович, внесший значительный вклад в развитие молодежного движения не только в саратовском аграрном университете, но и в организацию Всероссийского совета молодых ученых и специалистов АПК.
В 2003 году Воротников Игорь Леонидович был избран председателем совета молодых ученых и специалистов АПК ПФО, а совет молодых ученых саратовского аграрного университета стал базовым советом в округе.
С 2006 года совет молодых ученых ФГБОУ ВПО «Саратовский ГАУ» возглавляла Ковалева Татьяна Николаевна. С 2010 года ей были передано руководство советом молодых ученых и специалистов АПК ПФО.
С 2012 года совет молодых ученых университета возглавляет ассистент кафедры «Экономика и организация предприятий АПК» Миронова Татьяна Николаевна.